Sebagai upaya menumbuhkan minat dan bakat peserta didik pada beberapa aspek pengembangan diri yang lebih spesifik, PG-K GIS 3 Yogyakarta juga menyelenggarakan kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan di luar jam pembelajaran intrakurikuler. Adapun kegiatan ekstrakurikuler yang dilaksanakan peserta didik antara lain: